慣例信息剖析內容以下：

1、序列拼接及拼裝統計；

2、Unigene功用正文；

3、Unigene功用聚類剖析；

4、Unigene的代謝門路剖析；

5、Unigene的表達差別剖析（兩個或兩個以上的樣本）；

6、樣品間差別表達Unigene的富集剖析（GO、KEGG）；

7、樣品間差別Unigene的表達形式聚類剖析（3個樣本及以上）；

8、SNP判定；

9、SSR剖析。

除慣例信息剖析外，還可按照客戶需求，停止可選性信息剖析，例如：基因共表達網絡剖析、PCA剖析、差別mRNA卵白互作網絡剖析、轉錄因子剖析（合用於植物物種）、樣本特異表達及共有表達基因剖析、樣品間相幹性剖析、mRNA與miRNA互作剖析、mRNA與LncRNA互作剖析、DEU剖析（合用於有生物學反復）。